Caracterização de deleções alfa-talassêmicas novas ou raras em 11 pacientes não-relacionados [recurso eletrônico] = Characterization of novel or rare alpha thalassemia deletions in 11 unrelated patients
Natália de Oliveira Mota
DISSERTAÇÃO
T/UNICAMP M856c
[Characterization of novel or rare alpha thalassemia deletions in 11 unrelated patients]
Campinas, SP : [s.n.], 2016.
1 recurso online ( 91 p.) : il., digital, arquivo PDF.
Orientador: Maria de Fatima Sonati
Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas
Resumo: As talassemias são as hemoglobinopatias hereditárias mais comuns em todo o mundo, caracterizadas pela síntese reduzida/ausente das cadeias globínicas. A talassemia alfa resulta da deficiência de síntese de globinas alfa, sendo as deleções parciais/totais dos genes que as codificam (?2 e ?1),...
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Resumo: As talassemias são as hemoglobinopatias hereditárias mais comuns em todo o mundo, caracterizadas pela síntese reduzida/ausente das cadeias globínicas. A talassemia alfa resulta da deficiência de síntese de globinas alfa, sendo as deleções parciais/totais dos genes que as codificam (?2 e ?1), localizados em 16p13.3, suas causas mais comuns. Nos últimos anos, várias técnicas e métodos têm sido empregados para identificar essas deleções, mas muitos dos casos ainda permanecem sem caracterização. O método de MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) tem se mostrado uma ferramenta importante na identificação de deleções e na delimitação de suas extensões, já que visa a quantificação relativa (número de cópias) de várias regiões genômicas em um único experimento. No entanto, a região de breakpoint das deleções permanece não caracterizada. O Fine-tiling array é um aCGH (array Comparative Genomic Hybridization) de alta resolução, customizado com sondas que englobam 2 Mb de DNA a partir da região telomérica do braço curto do cromossomo 16, incluindo o cluster ?. O presente estudo teve por objetivo caracterizar as deleções alfatalassêmicas presentes em 11 pacientes (10 famílias), não relacionados, 10 deles brasileiros e um proveniente do Uruguai, cujos genótipos não puderam ser completamente determinados somente pela utilização do Multiplex-gap-PCR, empregando os métodos de MLPA e Finetiling array. Dos oito pacientes analisados apenas pelo MLPA, cinco possuem a Doença da Hb H, ocasionada pela associação da deleção -?3,7 com deleções ?0 que comprometem cerca de 15 até 225 kb de DNA; e três casos de heterozigose da talassemia ?0 (uma deleção envolvendo o elemento regulatório HS-40, uma deleção de cerca de 15 kb de DNA e a deleção -(?)5,2). Através do Fine-tiling array, foram identificadas três deleções com tamanhos aproximados de 470 kb, 560 kb e 774 kb, com fragmentos de breakpoint de 3625 pb e 250 pb, sendo os dois primeiros pacientes com Doença da Hb H e o último apresentando heterozigose da talassemia ?0. As deleções aqui detectadas são novas ou muito raras e enfatizam a diversidade de alterações que afetam os genes de globinas. Além disso, nossos resultados ressaltam a importância da investigação de todos aqueles casos que apresentam alterações hematológicas compatíveis com a presença de talassemia, muitas vezes interpretadas como deficiência de ferro e equivocadamente tratadas. Eles destacam ainda a aplicabilidade dos métodos MLPA e aCGH na identificação e caracterização das talassemias ?, permitindo solucionar casos até então sem conclusão. A exata determinação dos breakpoints dessas deleções poderá contribuir para uma melhor compreensão dos diferentes mecanismos de recombinação gênica que atuam no processo evolutivo desses genes e maior ampliação do conhecimento sobre as funções de genes e elementos contínuos aos genes de globinas.
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Abstract: The thalassemias are an inherited hemoglobin disorders that comprehend the most common human genetic disorder worldwide, characterized by reduced or absence of globin chains. Alpha thalassemia is the result of deficient alpha globin synthesis, which is mostly caused by partial/total...
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Abstract: The thalassemias are an inherited hemoglobin disorders that comprehend the most common human genetic disorder worldwide, characterized by reduced or absence of globin chains. Alpha thalassemia is the result of deficient alpha globin synthesis, which is mostly caused by partial/total deletion of alpha globin genes (?2 and ?1), located at 16p13.3. In recent years, several techniques and methods have been employed to identify these deletions, but in many cases they still remain without characterization. MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) has been an important tool for identifying deletions and delimiting of its extensions, through relative quantification (copy number) of several genomic regions in a single experiment. However, the breakpoint region of the deletions remains uncharacterized. Fine-tiling array CGH (Comparative Genomic Hybridization) is a high resolution technique, customized with probes spanning 2 Mb of DNA from the telomeric region of the short arm of chromosome 16, including ? cluster. The aim of this study was characterize the alphathalassemia deletions present in 11 patients (10 families), unrelated, 10 of them Brazilian and one from Uruguay, whose genotypes could not be completely determined only by the use of Multiplex-gap-PCR, using the methods of MLPA and Fine-tiling array. Eight patients were analyzed only by MLPA; five out of them had Hb H disease caused by -?3.7 deletion associated with ?0 deletions (around 15 to 225 kb of DNA), and three were heterozygotes for ?0 thalassemia (with deletions involving: the regulatory element (HS-40); a deletion of approximately 15 kb and the -(?)5.2 deletion). Through Fine-tiling array, three deletions were identified with distinct sizes, approximately 470 kb, 560 kb and 774 kb, with breakpoint fragments of 3625 bp and 250 bp, respectively. Of these, the first two patients had Hb H disease, and the third was heterozygous for ?0 thalassemia. The deletions detected here are novel or very rare and emphasize the diversity of alterations that may affect the globin genes. Furthermore, our results highlight the importance of the investigation of those cases with hematological changes that are consistent with the presence of thalassemia, often interpreted as iron deficiency and consequently mistakenly treated. They also highlight the applicability of the MLPA and aCGH methods in the identification and characterization of ? thalassemia, allowing to resolve cases so far inconclusive. The exact determination of the breakpoints of these deletions may contribute to a better understanding of the different genetic recombination mechanisms that operate in the evolutionary process of these genes and expands the knowledge on the functions of genes and contiguous elements to the globin genes
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Caracterização de deleções alfa-talassêmicas novas ou raras em 11 pacientes não-relacionados [recurso eletrônico] = Characterization of novel or rare alpha thalassemia deletions in 11 unrelated patients
Natália de Oliveira Mota
Caracterização de deleções alfa-talassêmicas novas ou raras em 11 pacientes não-relacionados [recurso eletrônico] = Characterization of novel or rare alpha thalassemia deletions in 11 unrelated patients
Natália de Oliveira Mota