Sequenciamento de nova geração na investigação molecular das displasias esqueléticas associadas a um comprometimento articular major [recurso eletrônico]
Cynthia Silveira
TESE
Multilíngua
T/UNICAMP Si39s
[Molecular investigation of skeletal dysplasias associated with major joint impairment using Next-generation sequencing]
Campinas, SP : [s.n.], 2021.
1 recurso online (104 p.) : il., digital, arquivo PDF.
Orientador: Denise Pontes Cavalcanti
Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas
Resumo: As displasias esqueléticas (DE) ou osteocondrodisplasias (OCD) com comprometimento articular major compreendem atualmente um grupo de 29 condições, em sua maioria de herança autossômica recessiva, e estão relacionadas a 23 genes, a maioria deles relacionados a via dos Proteoglicanos – PGs....
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Resumo: As displasias esqueléticas (DE) ou osteocondrodisplasias (OCD) com comprometimento articular major compreendem atualmente um grupo de 29 condições, em sua maioria de herança autossômica recessiva, e estão relacionadas a 23 genes, a maioria deles relacionados a via dos Proteoglicanos – PGs. Embora algumas dessas condições tenham um fenótipo típico, no seu conjunto são de difícil diagnóstico devido à sobreposição fenotípica e à heterogeneidade genética, e, vários fenótipos ainda não tem suas bases moleculares bem definidas. Dada a dificuldade diagnóstica desse grupo de OCD, o presente estudo teve como objetivo definir as bases moleculares de um grupo de pacientes utilizando técnicas de sequenciamento de nova geração (NGS) e permitindo um refinamento da correlação fenótipo-genótipo. Foi realizada uma investigação molecular em uma coorte de 14 pacientes por meio de NGS com painel de genes customizado (Painel-NGS), bem como utilizando o exoma (Whole Exome Sequencing – WES). O sequenciamento Sanger (SS) também foi utilizado para alguns pacientes específicos, bem como para confirmação das variantes obtidas por NGS e para estudo de segregação. Os 14 pacientes foram classificados clinicamente como típicos (7) e não-típicos (7), sendo os típicos: Acondrogênese 1B (ACG-1B) [1], Atelosteogênese 2 (AO-2) [1], Displasia Diastrófica (DD) [1], Displasia de Desbuquois (DBQD) [1], Diplasia Espôndilo Epi-Metafisária com Frouxidão Ligamentar (SEMD-JL) tipo Leptodactílico [2] e tipo Beighton [1]. Todos esses pacientes foram confirmados pela investigação molecular. Entre os pacientes não típicos, foi possível definir ou propor um diagnóstico molecular em quatro pacientes. Estes foram associados aos seguintes genes DTDST/SLC26A2 (fenótipo intermediário), IMPAD1, SLC39A8 (CDG com aparência de DBQD) e KYNU (fenótipo tipo Catel-Manzke-like). A taxa geral de resultados positivos foi de 78,5% (11/14), a positividade entre os fenótipos atípicos foi de 57,14% (4/7). O presente estudo, portanto, mostrou uma alta taxa de positividade, esta justificada pela seleção prévia dos pacientes baseada no diagnóstico clínico-radiológico. Além disso permitiu inferir outra mutação que não as previamente reconhecidas como hot-spots para o fenótipo SEMD-JL tipo Leptodactílico (c.664G>C / p.Glu222Gln), e mostrou dois novos genes - SLC39A8 e KYNU, associados a fenótipos classificados entre as OCD com comprometimento articular major
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Abstract: Skeletal dysplasias (SD) or osteochondrodysplasias (OCD) with major joint involvement comprise a group of 29 conditions, most with autosomal recessive inheritance and related to 23 genes that are involved in the synthesis of Proteoglycans – PGs. Some conditions are characterized by a...
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Abstract: Skeletal dysplasias (SD) or osteochondrodysplasias (OCD) with major joint involvement comprise a group of 29 conditions, most with autosomal recessive inheritance and related to 23 genes that are involved in the synthesis of Proteoglycans – PGs. Some conditions are characterized by a typical and well-defined phenotype, while others have atypical phenotypes that are difficult to diagnose due to the characteristics of phenotypic overlap, and genetic heterogeneity. Furthermore, some conditions still have unknown molecular bases. Considering the difficulty in diagnosing this OCD group, the aim of the present study was to perform a molecular investigation in a group of patients using next-generation sequencing techniques (NGS) to better understand the genotype-phenotype correlation. A cohort of 14 patients was investigated by a customized gene panel (Targeted-NGS) and exome (Whole Exome Sequencing - WES). Sanger sequencing (SS) was performed for some specific patients and also in the following situations - for validation of variants found by the NGS and for segregation analyses. The 14 patients were clinically classified as typical (7) and atypical (7), the following being typical: Achondogenesis 1B (ACG-1B) [1], Atelosteogenesis 2 (AO-2) [1], Diastrophic Dysplasia (DD) [1], Desbuquois dysplasia (DBQD) [1], Spondilo Epi-Metaphyseal Dysplasia with Joint Laxity Leptodactylic type (SEMD-JL) [2] and Beighton type [1]. The investigation confirmed the molecular basis in all of these patients. Considering the atypical patients, it was possible to define or propose a molecular diagnosis in four patients with mutations associated with the following genes: DTDST/SLC26A2 (intermediated phenotype), IMPAD1, SLC39A8 (CDG-with DBQD appearance), and KYNU (Catel-Manzke-like phenotype). The overall positivity rate was 78.5% (11/14), being 57.14% (4/7) in the atypical phenotypes. The high rate of positivity in the current study is justified by the previous selection based on the clinical-radiological diagnosis. In addition, the results allowed inferring another mutation rather than those recognized as a hotspot for the SEMD-JL Leptodactylic type (c.664G>C / p.Glu222Gln), and also present two novel genes SLC39A8 and KYNU related to phenotypes of this group, i.e., OCD with major joint involvement
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Requisitos do sistema: Software para leitura de arquivo em PDF
Cavalcanti, Denise Pontes, 1957-
Orientador
Bertuzzo, Carmen Sílvia, 1963-
Avaliador
Rocha, Cristiane de Souza, 1978-
Avaliador
Sobreira, Nara Lygia de Macena
Avaliador
Sanseverino, Maria Teresa Vieira
Avaliador
Sequenciamento de nova geração na investigação molecular das displasias esqueléticas associadas a um comprometimento articular major [recurso eletrônico]
Cynthia Silveira
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