Resumo: O objeto deste estudo foi identificar o núcleo do microbioma salivar humano a partir de dados depositados em um banco de dados público de projetos metagenômicos e avaliar a qualidade das sequências e dos dados depositados. Os dados de sequenciamento obtidos por Amplicon e Shotgun foram recuperados de amostras salivares depositadas no MG-RAST. Os dados foram comparados pelo teste U de Mann-Whitney e a associação entre as variáveis Failed, Unknown, Predicted, Alpha e Rarefaction, pela correlação de Spearman. Os núcleos dos microbiomas foram inferidos pela Análise de Componentes Principais. Todos os testes estatísticos utilizaram p <0,05. As análises foram realizadas com 3 projetos, utilizando 245 metagenomas de Amplicon e 164 metagenomas de Shotgun. Todas as comparações entre as variáveis, segundo a abordagem de sequenciamento, apresentaram diferenças significativas, exceto Predicted. Em Shotgun, a correlação mais alta foi entre Rarefaction e Failed (r = -0,78) e a mais baixa entre Alpha e Unknown (r = -0,12). Em Amplicon, Rarefaction e Unknown (r = 0,63) tiveram a maior associação e a menor foi entre Alpha e Predicted (r = -0,03). A maior diversidade foi observada em Shotgun. Propionibacterium, Lactobacillus e Prevotella foram os gêneros mais representativos em Amplicon. Em Shotgun, os gêneros mais representativos foram Escherichia, Chitinophaga e Acinetobacter. O núcleo e a diversidade do microbioma da saliva humana dependem das abordagens de sequenciamento. Os dados disponíveis sugerem que Shotgun e Amplicon possuem sensibilidades semelhantes para detectar o nível taxonômico investigado, embora Shotgun permita uma análise mais profunda da diversidade de microrganismos Ver menos

Abstract: The aim of this study was to identify the core of the human saliva microbiome from data deposited in a public database of metagenomic projects and evaluate the quality of the sequences and deposited data. Sequencing data obtained by Amplicon and Shotgun were recovered from salivary samples deposited in MG-RAST. Data were compared using Mann- Whitney U test and the association among Failed, Unknown, Predicted, Alpha and Rarefaction variables, by Spearman's correlation. Microbiomes cores were inferred by Principal Component Analysis. All statistical tests used p <0.05. Analyses were carried out with 3 projects, using 245 Amplicon metagenomas and 164 Shotgun metagenomas. All comparisons among variables, according to the sequencing approach, showed significant differences, except for Predicted. In Shotgun, the highest correlation was between Rarefaction and Failed (r = -0.78) and the lowest between Alpha and Unknown (r = -0.12). In Amplicon, Rarefaction and Unknown (r = 0.63) had the highest association and the lowest was between Alpha and Predicted (r = -0.03). The greatest diversity was observed in Shotgun. Propionibacterium, Lactobacillus and Prevotella were the most representative genera in Amplicon. In Shotgun, the most representative genera were Escherichia, Chitinophaga and Acinetobacter. Core and diversity of human saliva microbiome depend on sequencing approaches. Available data suggest that Shotgun and Amplicon have similar sensitivities to detect the investigated taxonomic level, although Shotgun allows a deeper analysis of the diversity of microorganisms Ver menos