Resumo: O câncer de pulmão é o tipo mais comum de câncer em homens e o terceiro mais comum em mulheres. Devido ao mau prognóstico, o câncer de pulmão é responsável pela maior taxa de mortalidade, atingindo 1,8 milhão de mortes por ano. O diagnóstico e o tratamento nos estágios iniciais podem aumentar as chances de sobrevivência. A tomografia computadorizada (TC) é a modalidade de imagem preferida para detectar e diagnosticar câncer de pulmão, pois fornece imagens 3D do tórax em alta resolução, facilitando a detecção de pequenos nódulos. No entanto, a natureza 3D das imagens dificulta sua análise visual. Como conseqüência, o número de falsos positivos ainda é alto e, mesmo contando com a opinião de vários especialistas, o diagnóstico é frequentemente sujeito a alguma falta de consenso. Os sistemas de Diagnóstico Assistida por Computador (CAD) foram desenvolvidos para solucionar o problema, auxiliando especialistas na tarefa de detecção e classificação mais rápidas e precisas de anormalidades. As técnicas usadas nos sistemas CAD podem ser divididas em dois grupos: sistemas CAD que exploram features de imagem baseados em conhecimento e sistemas CAD que aprendem os features de imagens anotadas, principalmente baseadas em aprendizado profundo por meio de redes neurais convolucionais (CNNs). Na última década, muitos métodos computacionais (sistemas CAD) foram desenvolvidos para auxiliar os médicos na detecção de nódulos pulmonares. Tais métodos são baseados principalmente em CNNs, que alcançaram resultados promissores na detecção precoce de nódulos pulmonares. No entanto, esses métodos geram várias regiões candidatas por nódulo, de modo que um algoritmo de não-máxima supressão (NMS) é necessário para selecionar uma única região por nódulo, eliminando as redundantes. O GossipNet é uma rede neural 1D para NMS, que pode aprender os parâmetros do NMS em vez de confiar nos parâmetros artesanais. No entanto, o GossipNet não tira proveito dos features de imagem para aprender NMS. Neste trabalho, propomos um sistema CAD automatizado para detecção de nódulos pulmonares, que consiste em quatro módulos: pré-processamento, a definição de uma região de interesse (por exemplo, por segmentação pulmonar), detecção de nódulos e a eliminação de candidatos redundantes. Para a segmentação pulmonar, usamos uma abordagem recente baseada em sequências de transformações florestais de imagem (IFTs) denominada ALTIS, fornecendo uma segmentação mais precisa dos pulmões em comparação com o método usado no desafio LUNA16. Para a detecção de nódulos e a eliminação de candidatos redundantes, usamos o 3D Faster R-CNN com ResNet18 para a detecção de regiões candidatas com nódulos e apresentamos FeatureNMS --- uma rede neural que fornece features de imagem adicionais à entrada do GossipNet, que resultam de uma transformação sobre as intensidades de voxel de cada região candidata na imagem da TC. Para validação, usamos o conjunto de dados de desafio LUNA16 Ver menos

Abstract: Lung cancer is the most common type of cancer in men and the third most common one in women. Due to poor prognosis, lung cancer is responsible for the largest mortality rate, reaching 1.8 million deaths per year. Diagnosis and treatment at the early stages can increase the chances of survival. Computerized Tomography (CT) is the imaging modality of preference to detect and diagnose lung cancer since it provides high-resolution 3D images of the thorax, facilitating the detection of small nodules. However, the 3D nature of the images makes their visual analysis difficult. As a consequence, the number of false positives is still high and, even by counting on the opinion of multiple specialists, the diagnosis is often subjected to some lack of consensus. Computer-Aided Detection (CAD) systems have been developed to address the problem, assisting to specialists in the task of quicker and more accurate detection and classification of abnormalities. The techniques used in CAD systems may be divided into two groups: CAD systems that explore knowledge-based image features and CAD systems that learn the features from annotated images, mostly based on deep learning through Convolutional Neural Networks (CNNs). In the last decade, many computational methods (CAD systems) have been developed to assist physicians in lung nodule detection. Such methods are mostly based on CNNs, which have achieved promising results in early detection of lung nodules. However, these methods generate several candidate regions per nodule, such that a Non-Maximum Suppression (NMS) algorithm is required to select a single region per nodule while eliminating the redundant ones. GossipNet is a 1D Neural Network (NN) for NMS, which can learn the NMS parameters rather than relying on handcrafted ones. However, GossipNet does not take advantage of image features to learn NMS. In this work, we propose an automated CAD system for lung nodule detection which consists of four modules: pre-processing, the definition of a region of interest (e.g., by lung segmentation), nodule detection, and the elimination of redundant candidates. For lung segmentation, we use a recent approach based on sequences of Image Foresting Transforms (IFTs) named ALTIS providing a more accurate segmentation of the lungs compared to the method used in the LUNA16 challenge. For nodule detection and the elimination of redundant candidates, we use 3D Faster R-CNN with ResNet18 for the detection of candidate regions with nodules and present \emph{FeatureNMS} --- a neural network that provides additional image features to the input of GossipNet, which result from a transformation over the voxel intensities of each candidate region in the CT image. For validation, we use the LUNA16 challenge dataset Ver menos