Computational design of cutin-derived biopolymers [recurso eletrônico] = Design computacional de biopolímeros derivados da cutina
Otto Mao Vargas Machuca Bueno
TESE
Multilíngua
T/UNICAMP B862c
[Design computacional de biopolímeros derivados da cutina]
Campinas, SP : [s.n.], 2020.
1 recurso online ( 132 p.) : il., digital, arquivo PDF.
Orientador: Miguel Angel San Miguel Barrera
Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Química
Resumo: Neste trabalho focamos em estudar o comportamento estrutural de algums polímeros de cutina, quando depositados em uma superfície de mica. Estudamos o comportamento estrutural de um ponto de vista teórico, usando a dinâmica molecular clássica em suas diferentes modalidades de campos de força....
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Resumo: Neste trabalho focamos em estudar o comportamento estrutural de algums polímeros de cutina, quando depositados em uma superfície de mica. Estudamos o comportamento estrutural de um ponto de vista teórico, usando a dinâmica molecular clássica em suas diferentes modalidades de campos de força. Utilizamos variados tipos de campos de força disponíveis na literatura, como: (1) campo de força atomístico (AFF), (2) campo de força coarse-grained (CGFF) e (3) campo de força reativo (RFF). Desta forma, conseguiremos estudar propriedades do sistema que estão em diferentes escalas temporais. Os monômeros de cutina usados especificamente para este trabalho foram: ácido aleurítico (9,10,16 tri-hidroxi-hexadecanoico, ALE), e ácido palmítico (hexadecanóico, PAL). Com a dinâmica molecular AFF, resolvemos o problema da densidade superficial efetiva (p), que ocorre nos monômeros de cutina quando são depositados em uma superfície de suporte. Definida a densidade efetiva (p), continuamos estudando o comportamento dos monômeros ALE e PAL, quando depositados em suas formas puras como em suas misturas 75:25 (75% ALE e 25% PAL) e 25:75 (25% ALE e 75% PAL). Além disso, estudamos o comportamento dos grupos funcionais que poderiam favorecer uma reação de esterificação nos sistemas puros de ALE e nas misturas 75:25 e 25:75. Com a dinâmica molecular CGFF, estudamos os sistemas puros de ALE e PAL. Com esse campo de força conseguimos observar propriedades que não foram observadas com a dinâmica AFF, devido à sua limitação de escala de tempo. Tivemos que desenvolver os parâmetros do campo de força CGFF para nossos sistemas, uma vez que os parâmetros CGFF não têm uma boa transferibilidade. Com a dinâmica molecular RFF, respaldamos nossos estudos sobre as reações de esterificação desenvolvidos com dinâmica AFF
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Abstract: In this work, we focus on studying the structural behavior of some cutin polymers when deposited on a mica surface. We study structural behavior from a theoretical point of view, using classical molecular dynamics in its different force field modalities. We use various types of force...
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Abstract: In this work, we focus on studying the structural behavior of some cutin polymers when deposited on a mica surface. We study structural behavior from a theoretical point of view, using classical molecular dynamics in its different force field modalities. We use various types of force fields available in the literature, such as (1) atomistic force field (AFF), (2) coarse-grained force field (CGFF) and (3) reactive force field (RFF). In this way, we will be able to study system properties that are at different time scales. The cutin monomers used specifically for this work were: aleuritic acid (9,10,16 trihydroxyhexadecanoic acid, ALE), and palmitic acid (hexadecanoic acid, PAL). With AFF molecular dynamics, we solve the problem of effective surface density (p), which occurs in cutin monomers when they are deposited on a support surface. Having defined the effective density (p), we continue to study the behavior of monomers ALE and PAL when deposited in their pure forms as in their mixtures 75:25 (75% ALE and 25% PAL) and 25:75 (25% ALE and 75 % PAL). Besides, we study the behavior of functional groups that could favor an esterification reaction in pure ALE systems and the 75:25 and 25:75 mixtures. With CGFF molecular dynamics, we study the pure ALE and PAL systems. With this force field, we can observe properties that were not observed with the AFF dynamics, due to their time scale limitation. We had to develop the CGFF force field parameters for our systems since the CGFF parameters do not have good transferability. With RFF molecular dynamics, we support our studies on esterification reactions developed with AFF dynamics
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Requisitos do sistema: Software para leitura de arquivo em PDF
San Miguel Barrera, Miguel Angel, 1968-
Orientador
Morgon, Nelson Henrique, 1964-
Avaliador
Añez Avila, Rafael Rufino, 1968-
Avaliador
Miranda, Caetano Rodrigues, 1974-
Avaliador
Sambrano, Julio Ricardo
Avaliador
Computational design of cutin-derived biopolymers [recurso eletrônico] = Design computacional de biopolímeros derivados da cutina
Otto Mao Vargas Machuca Bueno
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