Avaliação da plataforma de DNA microarray na identificação de fungos patogênicos a partir de frascos de hemocultura [recurso eletrônico]
Laís Lovison Sturaro
DISSERTAÇÃO
Português
T/UNICAMP St96a
[Evalution of the DNA microarray platform in the identification of pathogenic fungi from blood culture bottles]
Campinas, SP : [s.n.], 2018.
1 recurso online (121 p.) : il., digital, arquivo PDF.
Orientador: Maria Luiza Moretti
Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas
Resumo: As plataformas de DNA microarray vem sendo uma técnica promissora para o diagnóstico rápido de vários microrganismos incluindo fungos. Objetivo deste trabalho foi avaliar o desempenho da técnica de DNA microarray para a identificação de fungos diretamente dos frascos de hemoculturas e...
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Resumo: As plataformas de DNA microarray vem sendo uma técnica promissora para o diagnóstico rápido de vários microrganismos incluindo fungos. Objetivo deste trabalho foi avaliar o desempenho da técnica de DNA microarray para a identificação de fungos diretamente dos frascos de hemoculturas e comparar com as identificações obtidas pela técnica de sequenciamento e pelos métodos microbiológicos convencionais. Metodologia: Estudo retrospectivo, descritivo e analítico desenvolvido no período de setembro/2014 a setembro/2016. Foram estudados frascos de hemoculturas que resultaram positivos para fungos, frascos de hemoculturas com resultado negativo e frascos com crescimento bacteriano. O DNA extraído diretamente dos frascos de hemocultura foi submetido à PCR utilizando-se as regiões ITS1 e ITS4 e posteriormente à plataforma de DNA microarray e sequenciamento de DNA. A plataforma de DNA microarray continha 18 gêneros e 35 espécies fúngicas. Também foram analisados dados do prontuário médico dos pacientes que tiveram as hemoculturas incluídas no estudo. Resultados: Foram estudados 466 frascos de hemoculturas divididos em: Grupo A com 132 amostras positivas para fungos, Grupo B com 93 amostras positivas para bactérias, Subgrupo B com 209 amostras positivas para bactérias com crescimento em até 12 horas e Grupo C com 32 amostras negativas. O sequenciamento de DNA identificou 129 amostras positivas para fungos. Dois dos 12 frascos de hemocultura identificados pelas técnicas convencionais como Candida parapsilosis foram classificados como Candida orthopsilosis (Complexo psilosis) pelo sequenciamento de DNA. Não foi identificado Fusarium spp.:5 devido à ausência de material genético. A plataforma de DNA microarray identificou 118 amostras positivas para fungos, dois Fusarium solani em nível de espécie , mas não identificou C. orthopsilosis: 2, Candida pelliculosa:1, e Sacharomyces cerevisiae: 2, pois não faziam parte da composição da plataforma. Não positivaram na plataforma de DNA microarray: Candida tropicalis: 2, Candida parapsilosis: 1, Cryptococcus neoformans: 1 e Fusarium spp.: 5. Entre os controles negativos, a plataforma de DNA microarray identificou C.albicans e C. tropicalis, em um frasco de hemocultura identificado como Staphylococcus coagulase negativa e duas Candida krusei em dois frascos de hemocultura positivos para Enterococcus faecium. Todos os resultados obtidos pela plataforma de DNA microarray foram confirmados pela técnica de sequenciamento de DNA e concordaram em 93,1% para C. tropicalis, 90% para C. parapsilosis, 95,8% para C. neoformans e 100% para as demais espécies fúngicas. Conclusão: A plataforma de DNA microarray apresentou alta concordância em relação ao sequenciamento de DNA e foi sensível na detecção do gênero Candida em frascos de hemoculturas positivas para bactérias
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Abstract: DNA microarray has been a promising technique for the rapid diagnosis of several microorganisms including fungi. Objectives: The aim of this study was evaluate the performance of DNA microarray platform for the identification of fungal specimens direct from blood culture bottles and...
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Abstract: DNA microarray has been a promising technique for the rapid diagnosis of several microorganisms including fungi. Objectives: The aim of this study was evaluate the performance of DNA microarray platform for the identification of fungal specimens direct from blood culture bottles and compare with the identification by DNA sequencing technique and conventional microbiological methods. Methods: Retrospective, descriptive and analytical study was performed from September/2014 to September/2016. Blood cultures bottles were studied for positive for fungi growth, blood culture bottles with negative growth for microorganisms and bottles with bacterial growth. The DNA samples extracted directly from blood culture bottles were subjected to PCR using ITS1 and ITS4 regions and afterward to DNA microarray platform and DNA sequencing. The DNA microarray platform containeds 18 genera and 35 fungi species. Medical records data were analyzed of patients who had blood cultures included in the study. Results: 466 blood cultures bottles were separated in: A group with 132 positive samples for fungi, B group with 93 positive samples for bacteria, B subgroup with 209 positive samples for bacteria to growth in 12 hours and C group with 32 negative samples. The DNA sequencing identified 129 positive samples for fungi. Two of 12 blood culture bottles identified by conventional techniques such as C.parapsilosis were classified as C. orthopsilosis (C. parapsilosis complex) by DNA sequencing. Fusarium spp.: 5 was not identified owing to absence of genetic material. The DNA microarray platform correctly identified 118 positive samples for fungi and identified at species level two F. solani. It could not identify C. orthopsilosis: 2, C. pelliculosa: 1, and S. cerevisiae: 2, which probe sequences were absent from the platform. No positivated at DNA microarray platform: C.parapsilosis: 1, C. tropicalis: 2, C. neoformans: 1 e Fusarium spp: 5. Among negative controls, DNA microarray identified one C. albicans and one C. tropicalis in a bottle that was positive for coagulase negative Staphylococus, and two C. krusei in bottles positive for E.faecium. All the results obtained by DNA microarray platform were confirmed by DNA sequencing technique and agreed on 93,1% for C. tropicalis, 90% for C. parapsilosis, 95,8% for C. neoformans and 100% for other fungal species. Conclusion: The DNA microarray platform showed high concordance between DNA sequencing and was sensitive in the detection of Candida genera in bottles positive blood cultures for bacteria
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Avaliação da plataforma de DNA microarray na identificação de fungos patogênicos a partir de frascos de hemocultura [recurso eletrônico]
Laís Lovison Sturaro
Avaliação da plataforma de DNA microarray na identificação de fungos patogênicos a partir de frascos de hemocultura [recurso eletrônico]
Laís Lovison Sturaro