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Resumo: A Floresta Atlântica é um dos ecossistemas mais ameaçados no mundo e as unidades de conservação são importantes para manutenção da biodiversidade nesta paisagem altamente fragmentada. A avifauna da Floresta Atlântica do sul da Bahia é rica, com muitos endemismos e espécies ameaçadas de extinção. Nós investigamos a composição da avifauna da RBU e áreas adjacentes com o objetivo de medir a importância dessa UC para a proteção das espécies, assim como a resposta da comunidade aos diferentes hábitats (cabrucas, capoeiras e fragmentos florestais). Nós comparamos os resultados obtidos para aves, morcegos, lagartos, anuros e samambaias dentro dessa matriz predominatemente florestal com uma segunda área com paisagem oposta (fragmentos florestais imersos em matriz de cabrucas). Resultados: Nós encontramos 333 espécies de aves, incluindo 17 ameaçadas. A escassez de aves cinegéticas indica que a pressão de caça é alta na região. As cabrucas (plantações de cacau sob floresta raleada) exibem riqueza e abundância de aves maior que os demais hábitats investigados, com a presença de espécies generalistas invasoras. Frugívoros e insetívoros de copas foram abundantes e ricos nas cabrucas. Entretanto, insetívoros e frugívoros de sub-bosque são sensíveis à simplificação do hábitat deste sistema agroflorestal e muitas espécies desapareceram. O efeito de borda agiu significantemente para algumas espécies, com insetívoros generalistas aumentando sua riqueza e abundância, porém com alguns insetívoros e frugívoros de sub-bosque diminuindo próximo às bordas. Algumas espécies podem ser indicadores de florestas, já que ocorrem somente em interior de fragmentos. O amplo consenso sobre a importância de plantações sombreadas (cabrucas) para a conservação da biodiversidade deve ser tomado com cautela, porque algumas espécies evitam esse hábitat, mas as florestas secundárias (capoeiras) podem ser importantes para conectar fragmentos em uma paisagem. Uma comparação de pequenos fragmentos e cabrucas em duas paisagens contrastantes mostrou que a conversão de florestas em cabrucas impactaram diferentemente o padrão de dominância de espécies e guildas de aves e morcegos, porém as assembléias nas cabrucas geralmente refletem aquelas observadas em florestas próximas. A riqueza e composição de espécies foram diferentes nas paisagens analisadas, e ambos hábitats (florestas e cabrucas) de Uruçuca/Ilhéus mostraram perda de espécies florestais comparados com os mesmos hábitats em Una. Nosso estudo mostra que, apesar das cabrucas serem matrizes permeáveis para muitas espécies, elas não são substitutas das florestas. Há diferenças pronunciadas entre as duas paisagens com respeito à habilidade das cabrucas manterem a riqueza de espécies. Independente do grupo biológico considerado, uma representatividade maior de floresta nativa na paisagem influencia positivamente a riqueza de espécies encontradas nas cabrucas. O contexto da paisagem também influencia a variabilidade espacial da composição de espécies para alguns grupos biológicos, reforçando a importância e a vulnerabilidade de pequenas manchas florestais remanescentes em paisagens dominadas por cabrucas. Estes resultados apontam a necessidade de preservar áreas de hábitat primário mesmo em paisagens onde as práticas de uso da terra são geralmente favoráveis à conservação da biodiversidade