Please use this identifier to cite or link to this item: http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/38577
Full metadata record
DC FieldValueLanguage
dc.contributor.CRUESPUniversidade Estadual de Campinaspt
dc.typeArtigo de periódicopt
dc.titleBrazilian coffee genome project: an EST-based genomic resourcept
dc.title.alternativeProjeto Genoma Brasileiro Café: recursos genômicos baseados em ESTsen
dc.contributor.authorVieira, Luiz Gonzaga Estevespt
dc.contributor.authorAndrade, Alan Carvalhopt
dc.contributor.authorColombo, Carlos Augustopt
dc.contributor.authorMoraes, Ana Heloneida de Araújopt
dc.contributor.authorMetha, Ângelapt
dc.contributor.authorOliveira, Angélica Carvalho dept
dc.contributor.authorLabate, Carlos Albertopt
dc.contributor.authorMarino, Celso Luispt
dc.contributor.authorMonteiro-Vitorello, Claúdia de Barrospt
dc.contributor.authorMonte, Damares de Castropt
dc.contributor.authorGiglioti, Éderpt
dc.contributor.authorKimura, Edna Terukopt
dc.contributor.authorRomano, Eduardopt
dc.contributor.authorKuramae, Eiko Euryapt
dc.contributor.authorLemos, Eliana Gertrudes Macedopt
dc.contributor.authorAlmeida, Elionor Rita Pereira dept
dc.contributor.authorJorge, Érika C.pt
dc.contributor.authorAlbuquerque, Érika V. S.pt
dc.contributor.authorSilva, Felipe Rodrigues dapt
dc.contributor.authorVinecky, Felipept
dc.contributor.authorSawazaki, Haiko Enokpt
dc.contributor.authorDorry, Hamza Fahmi A.pt
dc.contributor.authorCarrer, Helainept
dc.contributor.authorAbreu, Ilka Nacifpt
dc.contributor.authorBatista, João A. N.pt
dc.contributor.authorTeixeira, João Batistapt
dc.contributor.authorKitajima, João Paulopt
dc.contributor.authorXavier, Karem Guimarãespt
dc.contributor.authorLima, Liziane Maria dept
dc.contributor.authorCamargo, Luis Eduardo Aranha dept
dc.contributor.authorPereira, Luiz Filipe Protasiopt
dc.contributor.authorCoutinho, Luiz Lehmannpt
dc.contributor.authorLemos, Manoel Victor Francopt
dc.contributor.authorRomano, Marcelo Ribeiropt
dc.contributor.authorMachado, Marcos Antoniopt
dc.contributor.authorCosta, Marcos Mota do Carmopt
dc.contributor.authorSá, Maria Fátima Grossi dept
dc.contributor.authorGoldman, Maria Helena S.pt
dc.contributor.authorFerro, Maria Inês T.pt
dc.contributor.authorTinoco, Maria Laine Penhapt
dc.contributor.authorOliveira, Mariana C.pt
dc.contributor.authorVan Sluys, Marie-Annept
dc.contributor.authorShimizu, Milton Massaopt
dc.contributor.authorMaluf, Mirian Perezpt
dc.contributor.authorEira, Mirian Therezinha Souza dapt
dc.contributor.authorGuerreiro Filho, Oliveiropt
dc.contributor.authorArruda, Paulopt
dc.contributor.authorMazzafera, Paulopt
dc.contributor.authorMariani, Pilar Drummond Sampaio Correapt
dc.contributor.authorOliveira, Regina L.B.C. dept
dc.contributor.authorHarakava, Ricardopt
dc.contributor.authorBalbao, Silvia Filippipt
dc.contributor.authorTsai, Siu Muipt
dc.contributor.authorMauro, Sonia Marli Zingaretti dipt
dc.contributor.authorSantos, Suzana Neivapt
dc.contributor.authorSiqueira, Walter Josépt
dc.contributor.authorCosta, Gustavo Gilson Lacerdapt
dc.contributor.authorFormighieri, Eduardo Fernandespt
dc.contributor.authorCarazzolle, Marcelo Falsarellapt
dc.contributor.authorPereira, Gonçalo Amarante Guimarãespt
unicamp.authorVieira, Luiz Gonzaga Estevespt
unicamp.authorAndrade, Alan Carvalhopt
unicamp.authorColombo, Carlos Augustopt
unicamp.authorMoraes, Ana Heloneida de Araújopt
unicamp.authorMetha, Ângelapt
unicamp.authorOliveira, Angélica Carvalho dept
unicamp.authorLabate, Carlos Albertopt
unicamp.authorMarino, Celso Luispt
unicamp.authorMonteiro-Vitorello, Claúdia de Barrospt
unicamp.authorMonte, Damares de Castropt
unicamp.authorGiglioti, Éderpt
unicamp.authorKimura, Edna Terukopt
unicamp.authorRomano, Eduardopt
unicamp.authorKuramae, Eiko Euryapt
unicamp.authorLemos, Eliana Gertrudes Macedopt
unicamp.authorAlmeida, Elionor Rita Pereira dept
unicamp.authorJorge, Érika C.pt
unicamp.authorAlbuquerque, Érika V. S.pt
unicamp.authorSilva, Felipe Rodrigues dapt
unicamp.authorVinecky, Felipept
unicamp.authorSawazaki, Haiko Enokpt
unicamp.authorDorry, Hamza Fahmi A.pt
unicamp.authorCarrer, Helainept
unicamp.authorAbreu, Ilka Nacif Universidade Estatual de Campinas Instituto de Biologia Departamento de Fisiologia Vegetalpt
unicamp.authorBatista, João A. N.pt
unicamp.authorTeixeira, João Batistapt
unicamp.authorKitajima, João Paulo Universidade Estatual de Campinas Instituto da Computação Laboratório de Bioinformáticapt
unicamp.authorXavier, Karem Guimarãespt
unicamp.authorLima, Liziane Maria dept
unicamp.authorCamargo, Luis Eduardo Aranha dept
unicamp.authorPereira, Luiz Filipe Protasiopt
unicamp.authorCoutinho, Luiz Lehmannpt
unicamp.authorLemos, Manoel Victor Francopt
unicamp.authorRomano, Marcelo Ribeiropt
unicamp.authorMachado, Marcos Antoniopt
unicamp.authorCosta, Marcos Mota do Carmopt
unicamp.authorSá, Maria Fátima Grossi dept
unicamp.authorGoldman, Maria Helena S.pt
unicamp.authorFerro, Maria Inês T.pt
unicamp.authorTinoco, Maria Laine Penhapt
unicamp.authorOliveira, Mariana C.pt
unicamp.authorVan Sluys, Marie-Annept
unicamp.authorShimizu, Milton Massao Universidade Estatual de Campinas Instituto de Biologia Departamento de Fisiologia Vegetalpt
unicamp.authorMaluf, Mirian Perezpt
unicamp.authorEira, Mirian Therezinha Souza dapt
unicamp.authorGuerreiro Filho, Oliveiropt
unicamp.authorArruda, Paulopt
unicamp.authorMazzafera, Paulo Universidade Estatual de Campinas Instituto de Biologia Departamento de Fisiologia Vegetalpt
unicamp.authorMariani, Pilar Drummond Sampaio Correa Universidade Estatual de Campinas Faculdade de Engenharia Química Instituto da Computaçãopt
unicamp.authorOliveira, Regina L.B.C. de Universidade Estatual de Campinas Instituto de Biologia Departamento de Fisiologia Vegetalpt
unicamp.authorHarakava, Ricardo Universidade Estatual de Campinas Faculdade de Engenharia Química Instituto da Computaçãopt
unicamp.authorBalbao, Silvia Filippi Universidade Estatual de Campinas Instituto de Biologia Departamento de Fisiologia Vegetalpt
unicamp.authorTsai, Siu Mui Universidade Estatual de Campinas Instituto da Computação Laboratório de Bioinformáticapt
unicamp.authorMauro, Sonia Marli Zingaretti dipt
unicamp.authorSantos, Suzana Neivapt
unicamp.authorSiqueira, Walter Josépt
unicamp.authorCosta, Gustavo Gilson Lacerda Universidade Estatual de Campinas Instituto de Biologia Laboratório de Genômica e Expressãopt
unicamp.authorFormighieri, Eduardo Fernandes Universidade Estatual de Campinas Instituto de Biologia Laboratório de Genômica e Expressãopt
unicamp.authorCarazzolle, Marcelo Falsarella Universidade Estatual de Campinas Instituto de Biologia Laboratório de Genômica e Expressãopt
unicamp.authorPereira, Gonçalo Amarante Guimarães Universidade Estatual de Campinas Instituto de Biologia Laboratório de Genômica e Expressãopt
dc.subjectCoffeapt
dc.subjectcDNApt
dc.subjectESTpt
dc.subjecttranscritomapt
dc.subjectCoffeapt
dc.subjectcDNApt
dc.subjectESTpt
dc.subjecttranscriptomept
dc.description.abstractCoffee is one of the most valuable agricultural commodities and ranks second on international trade exchanges. The genus Coffea belongs to the Rubiaceae family which includes other important plants. The genus contains about 100 species but commercial production is based only on two species, Coffea arabica and Coffea canephora that represent about 70 % and 30 % of the total coffee market, respectively. The Brazilian Coffee Genome Project was designed with the objective of making modern genomics resources available to the coffee scientific community, working on different aspects of the coffee production chain. We have single-pass sequenced a total of 214,964 randomly picked clones from 37 cDNA libraries of C. arabica, C. canephora and C. racemosa, representing specific stages of cells and plant development that after trimming resulted in 130,792, 12,381 and 10,566 sequences for each species, respectively. The ESTs clustered into 17,982 clusters and 32,155 singletons. Blast analysis of these sequences revealed that 22 % had no significant matches to sequences in the National Center for Biotechnology Information database (of known or unknown function). The generated coffee EST database resulted in the identification of close to 33,000 different unigenes. Annotated sequencing results have been stored in an online database at <A HREF=http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe>http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe</A>. Resources developed in this project provide genetic and genomic tools that may hold the key to the sustainability, competitiveness and future viability of the coffee industry in local and international markets.en
dc.description.abstractO café é um dos principais produtos agrícolas, sendo considerado o segundo item em importância do comércio internacional de commodities. O gênero Coffea pertence à família Rubiaceae que também inclui outras plantas importantes. Este gênero contém aproximadamente 100 espécies, mas a produção comercial é baseada somente em duas espécies, Coffea arabica e Coffea canephora, que representam aproximadamente 70 % e 30 % do mercado total de café, respectivamente. O Projeto Genoma Café Brasileiro foi desenvolvido com o objetivo de disponibilizar os modernos recursos da genômica à comunidade científica e aos diferentes segmentos da cadeia produtiva do café. Para isso, foram seqüenciados 214.964 clones escolhidos aleatoriamente de 37 bibliotecas de cDNA de C. arabica, C. canephora e C. racemosa representando estádios específicos do desenvolvimento de células e de tecidos do cafeeiro, resultando em 130.792, 12.381 e 10.566 seqüências de cada espécie, respectivamente, após processo de trimagem. Os ESTs foram agrupados em 17.982 contigs e em 32.155 singletons. A comparação destas seqüências pelo programa BLAST revelou que 22 % não tiveram nenhuma similaridade significativa às seqüências no banco de dados do National Center for Biotechnology Information (de função conhecida ou desconhecida). A base de dados de ESTs do cafeeiro resultou na identificação de cerca de 33.000 unigenes diferentes. Os resultados de anotação das seqüências foram armazenados em base de dados online em <A HREF=http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe>http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe</A>. Os recursos desenvolvidos por este projeto disponibilizam ferramentas genéticas e genômicas que podem ser decisivas para a sustentabilidade, a competitividade e a futura viabilidade da agroindústria cafeeira nos mercados interno e externo.pt
dc.relation.ispartofBrazilian Journal of Plant Physiology
dc.publisherBrazilian Journal of Plant Physiologypt
dc.date.issued2006-03-01pt
dc.identifier.citationBrazilian Journal of Plant Physiology. Brazilian Journal of Plant Physiology, v. 18, n. 1, p. 95-108, 2006.pt
dc.language.isoenpt
dc.description.initialpage95pt
dc.description.lastpage108pt
dc.rightsabertopt
dc.sourceSciELOpt
dc.identifier.issn1677-0420pt
dc.identifier.idScieloS1677-04202006000100008pt
dc.identifier.doi10.1590/S1677-04202006000100008pt
dc.identifier.urlhttp://dx.doi.org/10.1590/S1677-04202006000100008en
dc.identifier.urlhttp://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1677-04202006000100008en
dc.description.sponsorshipFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)pt
dc.date.available2014-07-18T20:00:56Z
dc.date.available2015-11-26T11:56:29Z-
dc.date.accessioned2014-07-18T20:00:56Z
dc.date.accessioned2015-11-26T11:56:29Z-
dc.description.provenanceMade available in DSpace on 2014-07-18T20:00:56Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-03-01en
dc.description.provenanceMade available in DSpace on 2015-11-26T11:56:29Z (GMT). No. of bitstreams: 2 S1677-04202006000100008.pdf: 927918 bytes, checksum: 9258fae108c1ae62bed73557138b4add (MD5) S1677-04202006000100008.pdf.txt: 59764 bytes, checksum: 1ebac4580a41f44534b4dad6f32c761e (MD5) Previous issue date: 2006-03-01en
dc.identifier.urihttp://www.repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/38577
dc.identifier.urihttp://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/38577-
Appears in Collections:Unicamp - Artigos e Outros Documentos

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
S1677-04202006000100008.pdf906.17 kBAdobe PDFView/Open


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.