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Type: Artigo
Title: In silico analysis of Pinus L. chloroplast DNA to microsatellites regions
Title Alternative: Análise in silico das regiões microssatélites de DNA cloroplastidial de Pinus L.
Author: Moro, Michele
Pereira, Fernanda Bortolanza
Ferreira Filho, Jaire Alves
Perek, Matheus
Peres, Fabiana Schmidt Bandeira
Furquim, Gabriel de Assis
Tambarussi, Evandro Vagner
Abstract: The Pinus genus covers a wide variety of widely cultivated species due to adaptability, high growth and wood quality. Molecular markers have been used for many genetic analyses, and among them, the microsatellite markers (SSR) have several applications and can be found in chloroplast genome (cpDNA) as well as in nuclear genomes (ntDNA). The chloroplast microsatellites markers (cpSSR) can be used for gene flow analysis, identification of hybrids,clones, paternity tests, genetic diversity studies, phylogenetic analysis, among others. The work aimed to characterize the cpSSRs of Pinus species with cpDNA sequenced and deposited in NCBI (National Center for Biotechnology Information). In the twenty species of Pinus spp. studied, 1.542 cpSSRs were identified, with 86,45% of mononucleotide type, and the less frequent the penta- (1.10%) and hexanucleotide (1.04%) types. Predominated cpSSRs in non-coding regions (intergenic). The results indicate presence of a wide range of cpSSR for Pinus spp., which can subsidize breeding programs of interesting species
metadata.dc.description.abstractalternative: O gênero Pinus compreende uma ampla variedade de espécies cultivadas devido à adaptabilidade, elevado crescimento e qualidade de madeira. Marcadores moleculares têm sido usados para diversas análises genéticas, e entre eles, os marcadores microssatélites (SSR) apresentam várias aplicações e podem ser encontrados no genoma cloroplastidial (cpDNA) bem como no genoma nuclear (ntDNA). Os marcadores microssatélites cloroplastidiais (cpSSR) podem ser usados para análises de fluxo gênico, identificação de híbridos, clones, testes de paternidade, estudos de diversidade genética, análises filogenéticas, entre outros. O trabalho objetivou caracterizar os cpSSRs de espécies de Pinus com cpDNA sequenciado e depositado no NCBI (National Center for Biotechnology Information). Nas vinte espécies de Pinus estudadas, foram identificados 1.542 cpSSRs, com 86,45% do tipo mononucleotídeo, e em menor frequência dos tipos penta- (1,10%) e hexanucleotídeo (1,04%). Os cpSSRs predominaram em regiões não codificantes (intergênicas). Os resultados indicam presença de uma ampla gama de cpSSRs para Pinus spp., que podem subsidiar programas de melhoramento das espécies de interesse
Subject: DNA
Repetições de microssatélites
Country: Brasil
Editor: IPEF - Instituto de Pesquisas e Estudos Florestais
Rights: Fechado
Identifier DOI: 10.18671/scifor.v47n123.16
Date Issue: Sep-2019
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