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Type: DISSERTAÇÃO DIGITAL
Degree Level: Mestrado
Title: Sequenciamento de alto desempenho para quantificação da doença residual mínima em leucemia linfoide aguda
Title Alternative: Acute lymphoblastic leukemia minimal residual disease quantification by high throughput sequencing
Author: Giusti, Guilherme Navarro Nilo, 1993-
Advisor: Yunes, José Andrés
Abstract: Resumo: A leucemia linfoide aguda (LLA) é o câncer mais comum na criança. Os atuais protocolos de tratamento da LLA pediátrica alcançam índices de sobrevida livre de doença que se aproximam de 90%. Parte desse sucesso se deve à alocação dos pacientes em diferentes grupos de risco, segundo fatores prognósticos obtidos ao longo do tratamento. A resposta inicial ao tratamento, avaliada pela quantificação das células leucêmicas residuais do paciente, ou doença residual mínima (DRM), é um dos mais importantes fatores para a identificação desses grupos de risco. O protocolo do Grupo Brasileiro de Tratamento da Leucemia Infantil (GBTLI LLA-2009), usa a DRM dos dias 15 e 35 do tratamento, avaliada por citometria de fluxo e por PCR quantitativo (qPCR) respectivamente, para alocação dos pacientes nos grupos para diferentes esquemas de tratamento quimioterápico. A avaliação da DRM por citometria de fluxo (DRM-CF) e qPCR (qPCR DRM) é cara, exige muita experiência e demanda análise imediata (citometria) ou demorada das amostras (qPCR), dificultando seu uso em abrangência nacional. O número de crianças que têm se beneficiado do exame de DRM é de apenas 100 por ano (3,2%). Nesse projeto padronizou-se o uso do sequenciamento de última geração (NGS) para a quantificação da DRM em crianças com LLA-B derivada, método que apresenta vantagens em termos de rapidez e escalabilidade. Uma vez padronizado, o método de análise de DRM por sequenciamento (NGS DRM) foi validado em amostras de LLA-B derivada pediátrica retrospectivamente analisadas no Centro Infantil Boldrini. Resultados NGS DRM foram comparados a resultados de qPCR DRM para as mesmas amostras, obtendo uma taxa de satisfatoriedade de 88,5% e um coeficiente de correlação de Pearson de 0,86. Como próximos passos, esperamos continuar o aperfeiçoamento do método, elevando a sua sensibilidade e acurácia, adicionando outros marcadores associados à LLA-B derivada pediátrica ao protocolo e adaptando-o para outras variedades de leucemias

Abstract: Acute Lymphoblastic Leukemia (ALL) is the most common cancer in children. The current childhood ALL treatment protocols achieve disease-free survival rates close to 90%. Part of this success is due to the allocation of patients in different risk groups, according to prognostic factors assessed during the treatment. Initial treatment response, assessed by the quantification of the patient¿s residual leukemic cells, or Minimal Residual Disease (MRD), is one of the most important factors to identify these risk groups. The protocol of the Brazilian Group for the treatment of ALL (GBTLI LLA-2009) uses MRD at days 15 and 35, evaluated by flow cytometry and qPCR respectively, to allocate the patients into groups for different chemotherapy treatment schemes. Flow cytometry and qPCR MRD assessment are expensive, require a lot of experience from the analyst and demand immediate analysis (cytometry) or a multistep 25 days-long analysis (qPCR). These factors hamper these methods¿ broad utilization in Brazil. The number of children in the country who are able to take advantage of the MRD exam is 100 a year (3,2% of total pediatric ALL cases in our country). In this Project, we standardized MRD assessment in childhood ALL by Next Generation Sequencing of IgH rearrangements. This assay is faster than the conventional ones and has high scalability potential. Once standardized, this method was validated using pediatric pre-B ALL samples previously analyzed at Centro Infantil Boldrini. The NGS MRD results were compared to the qPCR MRD ones, achieving a result satisfaction rate of 88,5% and a Pearson correlation coefficient of 0,86. The next steps are to keep polishing the method, by increasing its sensitivity and accuracy, adding additional established pediatric pre-B ALL markers to the protocol and adapting the method for other types of leukemia
Subject: Leucemia linfoide aguda
Neoplasia residual
Câncer em crianças
Sequenciamento de nova geração
Rearranjo gênico de cadeia pesada de linfócito B
Language: Português
Editor: [s.n.]
Citation: GIUSTI, Guilherme Navarro Nilo. Sequenciamento de alto desempenho para quantificação da doença residual mínima em leucemia linfoide aguda. 2019. 1 recurso online (111 p.). Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia, Campinas, SP.
Date Issue: 2019
Appears in Collections:IB - Tese e Dissertação

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