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Type: DISSERTAÇÃO
Degree Level: Mestrado
Title: Otimização de rastreamento simultâneo das principais mutações envolvidas na surdez neurossensorial não-sindrômica utilizando a plataforma TaqMan 'MARCA REGISTRADA' OpenArray 'TRADE MARK' Genotyping
Title Alternative: Optimization simultaeous screening of the main mutations involved in non-syndromic deafness using TaqMan 'TRADEMARK' OpenArray 'TRADE MARK' Genotyping
Author: Martins, Fábio Tadeu Arrojo, 1989-
Advisor: Sartorato, Edi Lúcia, 1962-
Abstract: Resumo: A perda auditiva é a deficiência sensorial mais frequente em humanos, atingindo aproximadamente 10% de toda a população mundial. A restrição da comunicação pela expressão oral resulta em alterações no desenvolvimento cognitivo e psicológico do indivíduo afetado. Em países desenvolvidos, um a cada 500 indivíduos apresenta perda auditiva neurossensorial bilateral profunda/severa. Já nos casos de indivíduos com até 5 anos, a porcentagem é maior, atingindo 0,27% de 1000 indivíduos, número que se torna maior ainda nos casos em jovens, chegando a 0,35%. Dentre as causas da perda auditiva, mais de 60% dos casos de perda auditiva congênita são genéticos. Até o momento já se tem conhecimento de 150 loci e 103 genes envolvidos com a perda auditiva, sendo que a maioria deles apresenta, no mínimo, 20 alterações (mutações de ponto, deleções, inserções, etc.) que podem causar a perda. O gene que apresenta maior número de alterações é o GJB2, codificador da conexina 26, uma proteína relacionada a trocas iônicas intercelulares, mantendo a homeostase de potássio do sistema auditivo, essencial para a audição. Apenas este gene apresenta mais de 302 alterações confirmadas até o presente momento, sendo o principal gene relacionado aos casos de perda auditiva de origem genética. Tendo em vista a grande heterogeneidade clínica e genética da perda auditiva e a importância do diagnóstico molecular correto dos indivíduos que apresentam perda auditiva hereditária, o presente trabalho propôs padronizar um layout para diagnóstico através de genotipagens utilizando uma tecnologia 'high-throughput' baseada em PCR (Polymerase Chain Reaction) em tempo real denominada TaqMan® OpenArrayTM Genotyping. Com esta, foi desenvolvido um layout das placas de genotipagem de OpenArrayTM, sendo possível analisar 32 alterações de 96 indivíduos simultâneamente por placa. Ao todo, foram analisados 376 indivíduos, sendo 94 deles controles ouvintes, totalizando 4 placas em duplicata. Todas as 31 alterações analisadas estavam presentes nos genes nucleares GJB2, GJB6, CRYL1, TMC1, SLC26A4, miR-96, OTOF e nos genes mitocondriais 12S rRNA e MT-TR1. As reações foram validadas posteriormente por técnicas previamente estabelecidas (sequenciamento direto, PCR Multiplex e RFLP-PCR) nos testes utilizados para o diagnótisco molecular da perda auditiva do Laboratório de Genética Humana do Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG) da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Ao total, foram realizadas 11.656 reações de genotipagem. Apenas 353 reações falharam, representando, aproximadamente, 3,03% das reações. Dentre as reações que falharam, estavam as amostras de nove indivíduos que não obedeciam aos requisitos mínimos de concentração, pureza e integridade do DNA para a realização dos experimentos. Com isso, calculou-se o rendimento médio das placas de genotipagem utilizando as placas de OpenArrayTM, que apresentou acurácia de, aproximadamente, 96,97%. Tais resultados comprovam a ótima acurácia, o baixo custo e a fácil reprodutibilidade da técnica, tornando este layout customizado para a plataforma TaqMan® OpenArrayTM Genotyping uma ferramenta ótima e confiável a ser empregada nos teste de diagnóstico molecular da perda auditiva no nosso país

Abstract: Hearing loss is the most common sensory deficit in humans, affecting approximately 10% of the entire world population. The restriction of communication by the oral expression results in changes in cognitive and psychological development of the affected individual. In developed countries, one in every 500 individuals has severe/profound bilateral sensorineural hearing loss. In cases of individuals with up to 5 years, the percentage is higher, reaching 0.27% of 1000 individuals, that number becomes even greater in cases where young people, reaching 0.35%. Among all the causes of hearing loss, more than 60% of congenital hearing loss is genetics. So far already aware of 150 loci and 103 genes involved in hearing loss, and most of them have at least 20 changes (point mutations, deletions, insertions, etc.) which may cause the loss. The gene that has the higher number of changes is the GJB2, encoding connexin 26, a protein related to ion exchange intercellular maintaining homeostasis potassium auditory system, essential for hearing. Only this gene has over 302 changes confirmed so far, being the main gene related to cases of hearing loss with genetic origin. Due to the great clinical and genetic heterogeneity of hearing loss and the importance of correct molecular diagnosis of individuals with hereditary hearing loss, this work proposes standardize a layout to the diagnosis by a genotyping technology using a high-throughput technique based on real-time PCR called TaqMan® OpenArrayTM Genotyping. With this, we customized a layout to the OpenArrayTM genotyping plates, being possible to analyze 32 changes of 96 individuals per plate simultaneously. Were analyzed 376 individuals, being 94 of them controls listeners, totaling 4 plates in duplicate. All 31 changes analyzed were present in the nuclear genes GJB2, GJB6, CRYL1, TMC1, SLC26A4, miR-96, OTOF and in the mitochondrial genes 12S rRNA and MT-TR1. Reactions were subsequently validated by previously established techniques (direct sequencing, multiplex PCR and RFLP-PCR), tests used for the molecular diagnostic of the hearing loss at Human Genetics Laboratory of the Center for Molecular Biology and Genetic Engineering (CBMEG), located at State University Campinas (UNICAMP). In total, 11.656 reactions of genotyping were performed using this platform. Only 353 reactions failed, representing approximately 3.03% of the reactions. Among the reactions that failed, were samples of nine individuals who did not meet the minimum concentration, purity and integrity of the DNA for the experiments. With this, was calculated the average income of the OpenArrayTM genotyping plates, which showed an accuracy of approximately 96.97%. These results and the comparative analysis of the costs among OpenArrayTM platform and the others molecular techniques demonstrated the great accuracy, low cost and easy reproducibility of the technique, making this layout customized for the platform TaqMan® OpenArrayTM Genotyping a good and reliable tool to be used in the molecular diagnostic of hearing loss in our country
Subject: Surdez
OpenArray
Genotipagem
Otimização
Perda auditiva
Language: Português
Editor: [s.n.]
Citation: MARTINS, Fábio Tadeu Arrojo. Otimização de rastreamento simultâneo das principais mutações envolvidas na surdez neurossensorial não-sindrômica utilizando a plataforma TaqMan 'MARCA REGISTRADA' OpenArray 'TRADE MARK' Genotyping. 2013. 175 p. Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia, Campinas, SP. Disponível em: <http://www.repositorio.unicamp.br/handle/REPOSIP/316700>. Acesso em: 22 ago. 2018.
Date Issue: 2013
Appears in Collections:IB - Tese e Dissertação

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