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Type: TESE DIGITAL
Degree Level: Doutorado
Title: Metaviroma de Morcegos Tadarida brasiliensis = Viral metagenomic of Tadarida brasiliensis bats
Title Alternative: Viral metagenomic of Tadarida brasiliensis bats
Author: Simas, Paulo Vitor Marques, 1984-
Advisor: Arns, Clarice Weis, 1956-
Abstract: Resumo: Tadarida brasiliensis é uma espécie de morcego típica das Américas adaptada a áreas urbanas, facilitando o contato com e a disseminação de diversos agentes virais. Dentre estes, os Coronavírus (CoV) se destacam para vigilância sanitária e epidemiológica, pois nas últimas décadas surgiram estirpes altamente patogênicas que evoluíram a partir dos morcegos. Os objetivos deste trabalho foram caracterizar as espécies de Coronavírus e as suas relações filogenéticas a partir de uma metagenômica viral em morcegos. Para tanto, foram utilizados 10 swabs anais e 10 swabs traqueais de 10 morcegos da espécie T. brasiliensis coletados em 2011 no Bosque dos Jequitibás, Campinas, Estado de São Paulo, Brasil. As amostras foram submetidas à Next-Gen Sequencing (NGS) usando a plataforma Illumina HiSeq 2500, obtendo-se 345.409.110 reads paired-ends das quais 76,47% apresentaram Q ? 30. Foram utilizadas duas plataformas distintas para montagem dos contigs e scaffolds, MetaVelvet e Metavir 2, cujos resultados foram semelhantes. A busca por similaridade BLAST foi conduzida a partir de diferentes bancos de dados. Quando submetidas ao UniRef90, obteve-se 97 matches com sequências de origem viral de grande interesse para vigilância epidemiológica. Utilizando apenas bancos de dados específicos para sequências de origem viral, observou-se 827 matches, dos quais 6 com Alphacoronavirus não classificados. Aproximadamente 85% das sequências apresentaram similaridade com vírus de DNA fita dupla enquanto que os 15% foram divididos entre vírus de RNA fita simples (5%), Orthoretrovirinae (4%), vírus de RNA fita dupla (2%), fagos não classificados (2%), vírus de DNA fita simples (0.8%) e 0.2% das sequências apresentaram similaridade com Muska hytrovirus. As análises filogenéticas realizadas apenas para os matches de Coronavírus incluíram sequências representativas de todos os gêneros¿ alfa, beta, gama e DeltaCoV e foram realizadas utilizando métodos de máxima verossimilhança (ML) e neighbor-joining. Foi também identificado sequências de estreita relação filogenéticas com AlphaCoV-like, Appalachian Ridge CoV.2, Porcine Epidemic Diarrhea Virus (PEDV), HCoV-NL63, Bat Coronavírus 1B, agentes de importância na clínica médica humana e veterinária. Deste modo, pode-se concluir que a abordagem metagenômica realizada com NGS representa uma metodologia com grande potencial discriminatório ou de identificação em estudos epidemiológicos. Considerando-se o impacto zoonótico de muitos CoV, os resultados deste trabalho contribuem fortemente para uma melhor compreensão da eco-epidemiologia molecular na evolução desses agentes virais

Abstract: Tadarida brasiliensis is a bats' typical species of the Americas adapted to urban areas, enabling contact and spread of several viral agents. Among them, coronavirus (CoV) stand out for sanitary and epidemiological surveillance, once in recent decades emerge highly pathogenic strains that evolved from bats. The goals of this study were to characterize the coronavirus species and its phylogenetic relationships from a viral metagenomics in bats. We used 10 anal and 10 tracheal swabs 10 of T. brasiliensis bats¿ specimens collected in 2011 Jequitibás Wood, Campinas, São Paulo, Brazil. Samples were subjected to Next Gen-Sequencing (NGS) using the Illumina platform HiSeq 2500, yielding 345 409 110 reads paired ends of which 76.47% had Q ? 30. We used two separate platforms for assembly of contigs and scaffolds, MetaVelvet and Metavir 2, which showed similar results. The BLAST similarity search was conducted from different databases. When subjected to UniRef90, it obtained 97 matches with sequences of viral origin of great interest for health surveillance. Using only specific databases for viral sequences, there was 827 matches, of which 6 with Alphacoronavirus unclassified. About 85% of sequences showed similarity to dsDNA virus no RNA stage while 15% were divided in ssRNA virus (5%), Orthoretrovirinae (4%), dsRNA viruses (2%), Unclassified phage (2%), ssDNA virus (0.8%) and 0.2% of the sequences showed similarity to Muska hytrovirus. Phylogenetic analyzes only for coronavirus matches included representative sequences of all genus ¿ alpha, beta, gamma and deltaCoV and were being performed using maximum likelihood methods (ML) and neighbor-joining (NJ). We identify sequences phylogenetically related AlphaCoV-like, Appalachian Ridge Cov.2, Porcine Epidemic Diarrhea Virus (PEDV), HCoV-NL63, Bat Coronavirus 1B, viruses of importance in human and veterinary medicine. Thus, we conclude that metagenomic approach performed with NGS represents a powerful methodology for epidemiological studies. Considering the zoonotic impact of many CoV, our results contribute greatly to a better understanding of the molecular eco-epidemiology in the evolution of these viral agents
Subject: Epidemiologia molecular
Metagenômica
Coronavírus
Filogenia
Morcego
Editor: [s.n.]
Date Issue: 2015
Appears in Collections:IB - Tese e Dissertação

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