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Type: TESE
Degree Level: Doutorado
Title: Investigação de variações no número de cópias do DNA (Copy Number Variations, CNVs) em pacientes com suspeita clínica da Síndrome Velocardiofacial
Title Alternative: Investigation of changes in the number of DNA copies (Copy Number Variations, CNVs) in patients with clinical suspicion of Velocardiofacial Syndrome
Author: Molck, Miriam Coelho, 1985-
Advisor: Lopes, Vera Lúcia Gil da Silva, 1967-
Abstract: Resumo: A Síndrome Velocardiofacial (SVCF) tem prevalência de ~1:4.000 nascimentos e apresenta espectro fenotípico variável, incluindo defeitos cardíacos congênitos (DCC). Microdeleções de ~3 Mb em 22q11.2 representam a principal causa, entretanto deleções atípicas nesta região têm sido relatadas, assim como fenótipos similares associados a variações no número de cópias do DNA (Copy number variations, CNVs) em outras regiões cromossômicas. Esta proposta objetiva mapear os pontos de quebra da região 22q11.2 e investigar CNVs em outras regiões do genoma em pacientes com a deleção 22q11.2 confirmada previamente (Grupo I) e investigar CNVs no genoma de pacientes sem a deleção 22q11.2 (Grupo II). Foram investigados 108 pacientes (30 do Grupo I e 78 do Grupo II) com suspeita clínica da SVCF e DCC por Hibridação Genômica em arrays (array Genomic Hybridization- aGH). Para o Grupo I, o tamanho da deleção 22q11.2 proximal variou de 1,8 Mb a 3,3 Mb em 28 casos, sendo que um apresentou a deleção entre as LCRs (Low Copy Repeats) A-B e os demais 27 entre as LCRs A-D (região tipicamente deletada). Dois casos apresentaram deleções atípicas em 22q11.2: 3,6 Mb entre as LCRs B-F, elvolvendo as regiões 22q11.2 proximal e distal; e 1,5 Mb entre as LCRs D-E, envolvendo a região 22q11.2 distal. Além disso, foram observadas dez CNVs ? 300 kb relevantes fora da região 22q11.2, incluindo uma deleção em 11q14.3 e duplicações em 2q24.1-q24.2, 3p22.1, 5p15.2, 5q11.1, 6p21.2, 7p11.2, 15q13.3, 16q23.3 e Xp21.1. Para o Grupo II, foi observado um total de 25 CNVs ? 300 Kb relevantes. Destas, nove CNVs já foram descritas na literatura, incluindo deleções em 4q35.1-q35.2, 5p15.1-p15.33, 8p23.1, 10q22.3-q23.2, 16p11.2, 17q12 e 22q13.33; e duplicações em 3p26.3 e 3q26.2. As variações gênicas dentro dos pontos de quebra da região deletada 22q11.2, bem como as CNVs observadas em outras regiões cromossômicas contribuem para a variabilidade fenotípica observada nesta síndrome e confirmam a sobreposição desta com diferentes condições clínicas

Abstract: The Velocardiofacial Syndrome (VCFS) has a prevalence of ~1:4.000 births and shows variable phenotypic spectrum, including congenital heart defects (CHD). Microdeletions of ~3 Mb in 22q11.2 represent the main cause, however atypical deletions in this region have been reported, as well as similar phenotypes associated with changes in the number of DNA copies (Copy number variations, CNVs) in other chromosomal regions. This work aims to map the breakpoints of the 22q11.2 region and investigate CNVs in other regions of the genome in patients with the 22q11.2 deletion previously confirmed (Group I) and investigate CNVs on the genome of patients without the 22q11.2 deletion (Group II). We investigated 108 patients (30 from Group I and 78 from Group II) with clinical suspicion of VCFS and CHD for array Genomic Hybridization (aGH). For Group I, the size of proximal 22q11.2 deletion ranged from 1.8 Mb to 3.3 Mb in 28 cases, of these, one case had the deletion between LCRs (Low Copy Repeats) A-B and the other 27 between LCRs A-D (typically deleted region). Two cases had atypical deletions at 22q11.2: 3.6 Mb between LCRs B-F, involving proximal and distal 22q11.2 regions; and 1.5 Mb between LCRs D-E, involving distal 22q11.2 region. Additionally, we observed ten relevant CNVs ? 300 kb outside of 22q11.2 region, including a deletion in 11q14.3 and duplications in 2q24.1-q24.2, 3p22.1, 5p15.2, 5q11.1, 6p21.2, 7p11.2, 15q13.3, 16q23.3 and Xp21.1. For Group II, a total of 25 relevant CNVs ? 300 Kb was observed. Of these, nine CNVs have been described in the literature, including deletions in 4q35.1-q35.2, 5p15.1-p15.33, 8p23.1, 10q22.3-q23.2, 16p11.2, 17q12 and 22q13.33; and duplications in 3p26.3 and 3q26.2. Gene variations within the break points of the 22q11.2 deleted region and CNVs observed in other chromosomal regions contribute to phenotypic variability observed in this syndrome and confirm the overlapp with different clinical conditions
Subject: Sindrome de DiGeorge
Coração - Doenças
Análise de microarranjo
Editor: [s.n.]
Citation: MOLCK, Miriam Coelho. Investigação de variações no número de cópias do DNA (Copy Number Variations, CNVs) em pacientes com suspeita clínica da Síndrome Velocardiofacial. 2015. 214 p. Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas, Campinas, SP. Disponível em: <http://www.repositorio.unicamp.br/handle/REPOSIP/313122>. Acesso em: 27 ago. 2018.
Date Issue: 2015
Appears in Collections:FCM - Tese e Dissertação

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