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Type: TESE
Degree Level: Doutorado
Title: Utilização da técnica de Open Array para investigação de genes associados a fendas labiopalatais em amostra da população brasileira
Title Alternative: Association study between genes and cleft lip and palate in Brazilian population using the openarray technique
Author: Araujo, Tânia Kawasaki de, 1985-
Advisor: Lopes, Vera Lúcia Gil da Silva, 1967-
Abstract: Resumo: A fenda de labiopalatal (FLP) isolada é o defeito craniofacial mais comum em humanos. O objetivo deste estudo foi avaliar associações entre 39 genes e a etiologia de FLP isolada em uma amostra da população brasileira. Este estudo de associação do tipo caso-controle foi desenhado com um poder estatístico de 81,29% por meio de regressão logística. O grupo de casos foi composto por 182 pacientes com FLP isolada registrados na Base Brasileira de Dados Clínicos e Familiais de Fendas Orofaciais Típicas. O grupo controle foi formado por 355 indivíduos saudáveis, sem história de fendas orais em três gerações. Toda a amostra foi genotipada por meio do sistema OpenArray®TaqManTM para 253 polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) em 39 genes, incluindo dois genes que, recentemente, haviam sido descritos por este grupo de pesquisa. A seleção de SNPs foi feita com o programa SNPbrowser 4.0 (Applied Biosystems) para verificar o número e a localização dos SNPs apropriados para explorar a associação de cada gene com FLP isolada. A análise de associação foi realizada por meio de regressão logística e regressão stepwise. Os resultados foram corrigidos para múltiplos testes (correção de Bonferroni). Vinte e quatro SNPs em 16 genes foram significativamente associados com a etiologia da FLP isolada, incluindo MSX1, SPRY1, MSX2, PRSS35, TFAP2A, SHH, VAX1, TBX10, WNT11, PAX9, BMP4, JAG2, AXIN2, DVL2, KIF7 e TCBE3. A análise de regressão stepwise revelou que 11 genes contribuiram em 15,5% do fenótipo de FLP isolada nessa amostra. Este é o primeiro estudo a associar os genes KIF7 e TCEB3 à FLP isolada

Abstract: Nonsyndromic cleft lip and palate (NSCLP) is the most common craniofacial birth defect. The aim of this study was to evaluate associations between 39 genes and the etiology of NSCLP in a Brazilian population. This case-control association study was designed with 81.29% statistical power according to logistic regression. The case group was composed of 182 patients with NSCLP enrolled in the Brazilian Database on Orofacial Clefts. The controls included 355 healthy individuals with no history of oral clefting in the past three generations. All samples were genotyped by TaqMan®OpenArrayTM system for 253 single nucleotide polymorphisms (SNPs) in 39 genes, including two that had recently been associated with this process. The SNPs selection was made by SNPbrowser 4.0 (Applied Biosystems) in order to establish the best SNPs to explor the association between each gene and NSCLP. The association analysis was performed using logistic regression and stepwise regression. The results were corrected for multiple testing (Bonferroni correction). Twenty-four SNPs in 16 genes were significantly associated with the etiology of NSCLP, including MSX1, SPRY1, MSX2, PRSS35, TFAP2A, SHH, VAX1, TBX10, WNT11, PAX9, BMP4, JAG2, AXIN2, DVL2, KIF7 and TCBE3. Stepwise regression analysis revealed that 11 genes contributed to 15.5% of the phenotype of NSCLP in the sample. This is the first study to associate KIF7 and TCEB3 with NSCLP
Subject: Fenda labial
Fenda palatina
Estudos de casos e controles
Gene KIF7
Gene TCEB3
Editor: [s.n.]
Citation: ARAUJO, Tânia Kawasaki de. Utilização da técnica de Open Array para investigação de genes associados a fendas labiopalatais em amostra da população brasileira. 2015. 160 p. Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas, Campinas, SP. Disponível em: <http://www.repositorio.unicamp.br/handle/REPOSIP/313118>. Acesso em: 26 ago. 2018.
Date Issue: 2015
Appears in Collections:FCM - Tese e Dissertação

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