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Type: TESE DIGITAL
Title: Avaliação do perfil de expressão gênica induzido pelo heme livre e em paciente com anemia falciforme
Title Alternative: Evaluation of gene expression perfile induced by free heme and in sickle cell anemia patients
Author: Hounkpe, Bidossessi Wilfried, 1985-
Advisor: Paula, Erich Vinicius de, 1972-
Abstract: Resumo: Apesar da caracterização detalhada das alterações inflamatórias e endoteliais observadas na doença falciforme (DF), as relações e a hierarquia entre elementos envolvidos na patogênese desta doença complexa ainda estão pouco descritos. Meta-análises de estudos de expressão gênica depositados em bases públicas representam uma nova estratégia capaz de identificar os principais mediadores em doenças complexas. Neste trabalho foram realizadas várias meta-análises de estudos de expressão gênica envolvendo DF, os quais incluem estudos com amostras de pacientes, bem como modelos in vitro da doença. Meta-análises foram realizadas com a ferramenta da bioinformática Inmex, baseada no pacote metodológico de bioinformática RankProd, usando dados brutos de expressão gênica. Análise funcional foi realizada com mais de 60 conjuntos de bibliotecas de avaliação de vias biológicas alteradas. Nossos resultados demonstram que a associação bem caracterizada do ponto de vista experimental entre imunidade inata, hemostasia, angiogênese e metabolismo de heme com a DF, é também consistentemente observada no nível transcriptômico, mesmo em estudos independentes. O enriquecimento dos genes e vias associados à imunidade inata e associados ao mecanismo de reparo a danos suportam o modelo em que padrões moleculares associados a dano celular (DAMPs) figuram entre os principais mediadores da patogênese da DF. Nosso estudo também gerou um novo banco de dados de genes candidatos, vias biológicas e fatores de transcrição não anteriormente associados com a patogênese da DF, que pode servir de ponto de partida para investigações adicionais em modelos e pacientes com DF

Abstract: Despite the detailed characterization of the inflammatory and endothelial changes observed in Sickle Cell Disease (SCD), the hierarchical relationship between elements involved in the pathogenesis of this complex disease is yet to be described. Meta-analyses of gene expression studies from public repositories represent a novel strategy, capable to identify key mediators in complex diseases. We performed several meta-analyses of gene expression studies involving SCD, including studies with patient samples, as well as in-vitro models of the disease. Meta-analyses were performed with the Inmex bioinformatics tool, based on the RankProd package, using raw gene expression data. Functional gene set analysis was performed using more than 60 gene-set libraries. Our results demonstrate that the well-characterized ¿ at the experimental level - association between innate immunity, hemostasis, angiogenesis and heme metabolism with SCD is also consistently observed at the transcriptomic level, across independent studies. The enrichment of genes and pathways associated with innate immunity and damage repair-associated pathways supports the model of erythroid danger-associated molecular patterns (DAMPs) as key mediators of the pathogenesis of SCD. Our study also generated a novel database of candidate genes, pathways and transcription factors not previously associated with the pathogenesis of SCD that warrant further investigation in models and patients of SCD
Subject: Anemia falciforme
Heme
Metanálise
Expressão gênica
Imunidade natural
Editor: [s.n.]
Date Issue: 2016
Appears in Collections:FCM - Tese e Dissertação

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