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Type: DISSERTAÇÃO
Degree Level: Mestrado
Title: Extração do DNA genomico a partir de celulas epiteliais bucais utilizando acetato de amonio
Title Alternative: DNA purification from buccal epithelial cells by ammonium acetate method
Author: Aidar, Marisi, 1958-
Advisor: Line, Sergio Roberto Peres, 1963-
Abstract: Resumo: Células bucais são fontes convenientes de DNA para diagnóstico e estudos epidemiológicos. O presente estudo teve como objetivo desenvolver um método simples e prático para obter células epiteliais, através de bochechos, a fim de serem usadas como fonte de DNA, avaliar a estabilidade do DNA na solução de bochecho no decorrer do tempo e analisar a eficácia deste método na amplificação por PCR de fragmentos de diferentes comprimentos. Os procedimentos usados neste estudo evitam o uso de solventes orgânicos permitindo uma prática laboratorial mais segura. Isto é alcançado pela remoção das proteínas celulares por desidratação e precipitação com uma solução de acetato de amônio 8 M. Bochechos com 5 mL de dextrose 3% foram coletados de 65 indivíduos. Adicionados a cada amostra 3 mL de solução TNE [17 mM Tris-HCL (pH 8,0), 50 mM NaCl, 7 mM EDTA] diluído em etanol 66%. O conteúdo das amostras de bochechos de 20 indivíduos foi dividido em 4 tubos. Um tubo foi usado para extração imediata (igualmente às demais 45 amostras) e os três tubos restantes foram mantidos em temperatura ambiente por períodos de 2, 15 e 30 dias, seguidos pela extração do DNA. As células bucais foram centrifugadas e ressuspendidas em solução contendo 10 mM Tris (pH 8.0), 0.5% SDS, 5 mM EDTA e proteinase K (20 mg/mL). Após incubação a 55ºC durante toda a noite as proteínas foram removidas pela adição de acetato de amônio 8 M seguida por centrifugação. O DNA foi precipitado com isopropanol e ressuspendido em 10 mM Tris (pH 7.8) e 1 mM EDTA. Foram realizadas reações de PCR com primers específicos para fragmentos dos seguintes genes: PAX9 (202 pb); KLK (555 pb); MMP20 (1434 pb). Nossas análises fornecem evidências consistentes de que o produto de DNA extraído por esta metodologia é suficiente para diversas amplificações por PCR. Fragmentos grandes de DNA (1434 pb) puderam ser obtidos com sucesso. Além disso, com a adição de TNE/Etanol o DNA é eficientemente preservado na solução de bochecho, a qual pode ser estocada em temperatura ambiente por até trinta dias, o que possibilita a coleta em campo e contribui para o aumento da amostragem. Este protocolo permite a extração de maneira rápida, simples, econômica e garante o processamento de várias amostras ao mesmo tempo

Abstract: Buccal cells provide a convenient source of DNA for diagnosis and epidemiological studies. The goal of this study was to develop a convenient method to obtain buccal cells from mouthwash samples to be used as a source of DNA, and to evaluate the stability of the DNA in the mouthwash solution over time. Finally, we analysed if the methodology could be used for PCR amplification of high molecular mass fragments. The procedures used in this paper avoid the use of any organic solvent. This is achieved by salting out the cellular proteins by dehydration and precipitation with a 8 M ammonium acetate solution. A group of 65 consenting subjects undertook a mouthwash containing 5mL of 3% dextrose solution. Three mL of TNE solution [17 mM Tris-HCl (pH 8.0), 50 mM NaCl and 7 mM EDTA] diluted in 66% ethanol, was added to the tube. The mouthwash solution of 20 individuals was divided into 4 tubes. One tube was used for immediate extraction (equally to the others 45 samples) and the three remaining were kept at room temperature for periods of 2, 15 and 30 days, followed by DNA isolation. Buccal cells were pelleted and resuspended in a solution containing 10 mM Tris (pH 8.0), 0.5% SDS, 5 mM EDTA, and proteinase K (20 mg/mL). After overnight incubation at 55°C proteins were removed by adding 8 M ammonium acetate followed by centrifugation. DNA was precipitated with isopropanol and resuspended in 10 mM Tris (pH 7.8) and 1 mM EDTA. PCR amplifications were performed. Three pairs of primers were used: PAX9 (202 pb); KLK (555 pb); MMP20 (1434 pb). Our analyses provided consistent evidences that DNA yield extracted by this methodology is sufficient for several PCR amplifications. Large size products (1434 bp) could be successfully obtained. Additionally, dilution of the mouthwashes in TNE/ethanol prevented DNA degradation at room temperature for periods of up to 30 days, allowing safe storage and transport of field specimens collected in isolated communities, distant from the laboratory. On conclusion, the protocol described here is quick, simple to perform, sensitive, economical and several samples can be processed at the same time
Subject: DNA
Reação em cadeia da polimerase
Mucosa bucal
Language: Português
Editor: [s.n.]
Date Issue: 2006
Appears in Collections:FOP - Tese e Dissertação

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