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Type: Artigo de periódico
Title: PCR amplification and sequence analyses of reverse transcriptase-like genes in Crinipellis perniciosa isolates
Title Alternative: Amplificação por PCR e análises de seqüências de genes do tipo transcriptase reversa em isolados de Crinipellis perniciosa
Author: Pereira, Jorge F.
Ignacchiti, Mariana D.C.
Araújo, Elza F.
Brommonschenkel, Sérgio H.
Cascardo, Júlio C.M.
Pereira, Gonçalo A. G.
Queiroz, Marisa V.
Abstract: Reverse transcriptase (RT) sequence analysis is an important technique used to detect the presence of transposable elements in a genome. Putative RT sequences were analyzed in the genome of the pathogenic fungus C. perniciosa, the causal agent of witches' broom disease of cocoa. A 394 bp fragment was amplified from genomic DNA of different isolates of C. perniciosa belonging to C-, L-, and S-biotypes and collected from various geographical areas. The cleavage of PCR products with restriction enzymes and the sequencing of various RT fragments indicated the presence of several sequences showing transition events (G:C to A:T). Southern blot analysis revealed high copy numbers of RT signals, forming different patterns among C-, S-, and L-biotype isolates. Sequence comparisons of the predicted RT peptide indicate a close relationship with the RT protein from thegypsy family of LTR-retrotransposons. The possible role of these retrotransposons in generating genetic variability in the homothallic C. perniciosa is discussed.
A análise de sequências de transcriptase reversa (RT) é uma etapa importante para descobrir a presença de elementos transponíveis e investigar o seu papel na geração de variabilidade genética em C. perniciosa. Seqüências putativas de TR foram analisadas no genoma do fitopatógeno C. perniciosa, o agente causal da doença vassoura-de-bruxa no cacau. Um fragmento de 394 pb foi amplificado a partir do DNA genômico de diferentes isolados de C. perniciosa, pertencentes aos biótipos C, L e S e a distintas áreas geográficas. A clivagem dos produtos de PCR com diferentes enzimas de restrição e sequenciamento de vários fragmentos de TR indicou a presença de diferentes seqüências mostrando eventos de transição G:C para A:T. A análise por hibridização revelou alto número de sinais sugerindo a presença de cópias de TR com diferentes perfis entre os isolados dos biótipos C, S e L. As comparações de seqüências dos peptídeos preditos indicam uma relação próxima com a proteína TR de retrotransposons-LTR da família gypsy.
Subject: variabilidade genética
transposons
vassoura de bruxa
Theobroma cacao
genetic variability
transposable elements
witches' broom
Theobroma cacao
Editor: Sociedade Brasileira de Fitopatologia
Rights: aberto
Identifier DOI: 10.1590/S0100-41582007000500001
Address: http://dx.doi.org/10.1590/S0100-41582007000500001
http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582007000500001
Date Issue: 1-Oct-2007
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